سید مصطفی میرسلیم در گفت‌وگویی با برنامه اینترنتی «سایه‌روشن» به‌تندی علیه صادق خلخالی انتقاد کرده است و گفته که او در اعدام‌ها زیاده‌روی می‌کرد. میرسلیم در این گفتگو گفته است: «آقای خلخالی در کارهایش دقت نداشت و در برخی از اعدام‌ها زیاده‌روی انجام می‌داد؛ البته معمولا این‌گونه افراط و تفریط‌ها در خیلی از انقلاب‌ها پیش می‌آید، اما اگر ایشان برخی از همین موارد اعدام را به تأخیر می‌انداختند و رسیدگی دقیق‌تری می‌کردند، آثار گران‌بهایی را برای مردم در پی داشت».
او ادامه داده است: «بنده از اقدامات ایشان دفاع نمی‌کنم و در همان زمان هم به اقتضای مسئولیتی که داشتم (مسئول شهربانی کل کشور) به ایشان تذکر می‌دادم؛ به‌طوری‌که در کتاب خاطرات خود آقای خلخالی آمده که ایشان از دست من تلفن را در یخچال می‌گذاشتند تا من مزاحمشان نشوم».
میرسلیم درباره اعدام افسران شهربانی توسط خلخالی هم گفت: «آقای خلخالی علاقه داشتند بدون درنظرگرفتن جوانب امر و رسیدگی‌های لازم بسیاری از افسران شهربانی را اعدام کنند. بدون اینکه به این موضوع توجه لازم داشته باشند که اصلا این افراد در آزار و اذیت و شکنجه مردم نقش داشتند یا خیر! بالاخره بنده از پرونده این افراد باخبر بودم و به‌نوعی پرونده عملکرد این افسران در دست من بود و خبر داشتم که آقای خلخالی دارند زیاده‌روی می‌کنند. به خود ایشان هم می‌گفتم مراقب باشید دچار خطا نشوید که البته ایشان خیلی زود حکم صادر می‌کرد و عجله داشت که این افراد را زودتر اعدام کند».
او در پاسخ به این پرسش که چرا خلخالی این‌قدر اصرار داشت که احکام اعدام به‌سرعت اجرا شود، ادامه داد: «این‌طور فکر نمی‌کنم که ایشان سوء نیت داشت؛ روش ایشان روش درستی نبود. به‌لحاظ قضائی خیلی باید دقت کرد. بالاخره جان انسان‌ها محترم است و نمی‌شود هرکسی را گرفت و بدون محاکمه دقیق اعدام کرد».
میرسلیم در پاسخ به پرسشی دیگر مبنی بر اینکه آیا این جمله برای آقای خلخالی است که «حالا اعدام می‌کنیم اگر بی‌گناه بود، می‌رود بهشت»، گفت: «بله از این حرف‌ها می‌گفتند. حتی بدتر از این کار‌ها هم انجام می‌دادند. من خبر داشتم که برخی از همراهان ایشان برای اینکه مجوز ورود به یک خانه را بگیرند، مواد مخدر یا موارد دیگر را به داخل منزل پرتاب می‌کردند و بعد به اهالی خانه می‌گفتند ما آمده‌ایم برای تفتیش و... بالاخره این قیبل کار‌ها زیاده‌روی‌هایی بود که اوایل انقلاب صورت می‌گرفت».
روایت میرسلیم به انحای مختلف توسط شخصیت‌های دیگر هم روایت شده است؛ چنان‌که اسدالله صفا، از اعضای قدیمی فدائیان اسلام هم درباره اعدام‌هایی که با حکم خلخالی انجام می‌شد، گفته بود: «آقای خلخالی در همان روز اول، ۳۰ نفر را محاکمه کرد و حکم اعدام هر ۳۰ نفرشان را داد و گفت: هر ۳۰ نفر را شب روی پشت‌بام مدرسه رفاه می‌بریم و اعدام می‌کنیم! آقا مهدی عراقی به من گفت: بیا برویم پیش آقا! گفتم: برای چه؟ گفت: که بگوییم خوب نیست این‌ها را اینجا روی پشت‌بام اعدام کنند! به‌هرحال رفتیم و دیدیم دو، سه نفر دور آقا هستند. خلوت که شد، رفتیم جلوتر. این نکته را داخل پرانتز بگویم که عزت و احترامی که آقا به امثال مهدی عراقی و بنده می‌گذاشتند، به‌خاطر سابقه‌ای بود که با مرحوم نواب داشتیم، وگرنه این‌طور نبود که هرکسی را به‌راحتی بپذیرند. به‌هرحال از آقا مهدی پرسیدند: چیزی شده است؟ حاج مهدی گفت: تصدقتان، اینجا مدرسه است، آقای خلخالی می‌خواهد ۳۰ نفر را روی پشت‌بام ببرد و اعدام کند، ما بالاخره باید مدرسه را تحویل بدهیم و برویم، ولی این کار تأثیر بدی روی روحیه بچه‌هایی می‌گذارد که می‌آیند اینجا درس بخوانند. آقا گفتند: بارک‌الله! امام آقای خلخالی را خواست و فرمود: جناب شیخ! این ۳۰ نفری را که برایشان حکم اعدام دادی، خیال نداری درباره‌شان تجدیدنظری کنی؟ آقای خلخالی گفت: اگر من این‌ها را اعدام کنم و خدا هزار بار زنده‌شان کند، باز هم اعدامشان می‌کنم! امام تبسمی کرد و گفت: پس یک کاری کن، به‌دلیل آماده‌نبودن مکان مناسب، فقط چهار نفرشان را در مدرسه اعدام کن، سریعا زندان قصر را آماده کنید و بقیه را به آنجا ببرید! عرض کردیم: آقا! زندان قصر را آتش زده‌اند و هرچه بوده، یا سوخته یا برده‌اند! امام دو، سه نفر را خواستند و فرمودند: من به شما پول می‌دهم تا ۲۰، ۳۰ تا عمله را بردارید و ببرید و سریع قسمتی از زندان قصر را تعمیر کنید و زندانی‌ها را به آنجا ببرید».
ابراهیم یزدی، وزیر امور خارجه دولت موقت هم درباره نحوه این اعدام‌ها چنین روایت کرده بود: «حدود ساعت هشت‌و‌نیم کمی بیشتر یا کمتر، درست به خاطر ندارم، آقای حسین خمینی به منزل ما آمد و گفت: حاج آقا (امام خمینی) با شما کار فوری دارند. با هم به مدرسه علوی رفتیم. در اتاق که وارد شدم، علاوه بر آقای خمینی، آیت‌الله اشراقی، حاج سیداحمد خمینی، حاج مهدی عراقی، زواره‌ای، صادق خلخالی و... شاید چهار یا پنج نفر دیگر هم حضور داشتند. یکی از آقایان مطرح کرد که صادق خلخالی چشم‌های ۲۴ نفر از دستگیرشدگان را بسته و به پشت بام مدرسه رفاه برده است و می‌خواسته آنان را تیرباران کند. خبر که به آقای خمینی می‌رسد، دستور توقف می‌دهد و خلخالی و تیمش را برای توضیح احضار می‌کند. آقای خمینی نظر مرا جویا شد. من، چون نمی‌دانستم این افراد چه کسانی هستند، اسامی آن‌ها را پرسیدم، خلخالی اسامی آن ۲۴ نفر را در حاشیه روزنامه اطلاعات نوشت. برخی از اسامی که به یاد دارم عبارت بودند از نصیری، هویدا، خسروداد، ناجی، رحیمی، جهانبانی، پرویز نیکخواه. من با صراحت با اعدام آنان بدون تشکیل دادگاه‌های علنی مخالفت کردم».
فضل‌الله صلواتی، از زندانیان سیاسی نظام پهلوی، هم گفته بود که به خلخالی گفته شد از اعدام‌ها پشیمان نیستی و خلخالی این‌گونه جواب داده بود: «پشیمانم که کم اعدام کردم». صلواتی ادامه داده بود که «او واقعا اعتقاد داشت که ساواکی‌ها و خائنان و فروشندگان مواد مخدر را اعدام کرده است». چنین رویکردی ازسوی خلخالی ادامه داشت تا به‌گفته علی رازینی، امام در سال ۵۹ او را از سمت قضائی کنار گذاشت.
رازینی، رئیس وقت سازمان قضائی نیرو‌های مسلح در دوران جنگ، درباره نحوه برخورد امام با خلخالی گفته بود: «کم‌کم دادگاه‌های آقای خلخالی گسترش پیدا کرد. زمانی هم ایشان مسئول مبارزه با مواد مخدر شدند و پرونده‌هایی را که در سطح کشور بود، رسیدگی می‌کرد، ولی یک مقداری به دلیل گستردگی حوزه عمل و کمبود عده و عده ایشان، چون سازمان نبودند و یک فرد تنها به همراه دوستانش بود، قهرا یک مقداری خطا‌ها بروز پیدا کرد و آن‌ها خدمت امام منعکس شد و امام هم مصلحت ندیدند که ایشان در آن سمت باشد و دستور برکناری او را صادر کردند. یعنی ایشان در سال۵۹ به‌صورت محترمانه از کار دادگاهی برکنار شدند و چیزی نبود که در رسانه‌ها و صدا‌و‌سیما اعلام شود. یعنی بعد از اسفند سال۵۹ آقای خلخالی هیچ سمتی در دستگاه قضائی نداشتند...». اما محمدصادق صادقی‌گیوی، معروف به صادق خلخالی در برابر همه این سخنان گفته بود که «در روز آخرت، هنگامی که من در مقابل خدا قرار می‌گیرم، به‌خاطر همه اعمالم در دنیا مورد مؤاخذه قرار خواهم گرفت و من مطمئنم هیچ سؤالی درباره اعدام‌ها از من نخواهد شد، حتی یک سؤال».
اسامی برخی از اعدام‌شدگان به حکم صادق خلخالی
صادق خلخالی، حاکم شرع اوایل انقلاب، حکم اعدام تعداد زیادی از عوامل رژیم گذشته و مخالفان انقلاب را صادر کرد که اسامی تعدادی از آن‌ها را مشاهده می‌کنید.
مقام‌های کشوری رژیم گذشته: امیرعباس هویدا، نخست‌وزیر. فَرخ‌رو پارسا، وزیر آموزش‌و‌پرورش و اولین وزیر زن ایران. عباسعلی خلعتبری، وزیر امور خارجه دولت امیرعباس هویدا. غلامرضا کیانپور، وزیر اطلاعات و جهانگردی و دادگستری کابینه هویدا و آموزگار. غلامرضا نیک‌پی، شهردار تهران. منوچهر آزمون، وزیر مشاور، وزیر کار، رئیس خبرگزاری پارس. محمدعلی علامه‌وحیدی، سناتور. محمود جعفریان، مدیرعامل سازمان رادیو تلویزیون ملی و قائم‌مقام حزب رستاخیز. پرویز نیکخواه، مدیر واحد مرکزی خبر تلویزیون. سالار جاف، نماینده جوا‌نرود در مجلس شورای ملی. محمدرضا عاملی‌تهرانی، وزیر اطلاعات و جهانگردی. منصور روحانی‌قزوینی، وزیر برق و کشاورزی. عبدالله ریاضی، رئیس مجلس شورای ملی. حسینعلی بیات، نماینده زنجان در مجلس شورای ملی. علی حجت‌کاشانی، رئیس سازمان تربیت‌بدنی. خسرو قشقایی، نماینده فارس در مجلس شورای ملی و عضو جبهه ملی ایران. یوسف خوش‌کیش، مدیرکل بانک مرکزی.
مقام‌های لشکری: نعمت‌الله نصیری، رئیس ساواک. نادر جهانبانی، امیرحسین ربیعی، مهدی رحیمی، بیوک امین‌افشار، هاشم برنجیان، احمد بیدآبادی، ناصر مقدم، عبدالله خواجه‌نوری، محمدتقی مجیدی، جعفرقلی صدری، ابوالحسن سعادتمند، اصغر جلالی، سرلشکر رضا ناجی، محمد‌جواد مولوی‌طالقانی، غلامحسین شمس‌تبریزی، منوچهر خسروداد، حسن پاکروان، علی‌اکبر یزدجردی، فخر مدرس، مطبوعی، علی نشاط، پرویز امینی‌افشار، جابر، ولی نژاد، معتمد، ده‌پناه، بدیع، شهنام رضایی، ایرج امینی‌افشار، حسین همدانیان، شهنام، منوچهر ملک، عبدالله وثیق، تابعی، محمد‌جواد غفاری، حسین خورشیدی، مصطفی زمانی، شعله‌ور، مهدی ساقی، قاسم ژیان‌پناه (ایران‌پناه)، عزتالله دشتی، حسن دیناروند، جعفر حیدری، صمد محترمیان.
چهره‌های اقتصادی: حبیب القانیان، رحیم‌علی خرم.
دیگران: سکینه قاسمی (پری بلنده)، سید‌جواد ذبیحی.
