نمایندگان با تصویب بند «ی» از تبصره دو لایحه بودجه ۱۳۹۴ به شرکت ملی پالایش و پخش فرآورده های نفتی ایران تکلیف کردند که منابع مورد نیاز برای نوسازی و توسعه شبکه خطوط لوله انتقال نفت خام و میعانات گازی را از محل افزایش ۵ درصد به قیمت هر لیتر فرآورده های نفتی تامین کند؛ این منابع جزء درآمد کشور محسوب نمی شود و مشمول مالیات با نرخ صفر خواهد بود.
نمایندگان در ادامه با تصویب بند «ک» از تبصره دو مقرر کردند «در اجرای ماده ۱۵ قانون رفع موانع تولید رقابت پذیر و ارتقای نظام مالی کشور، منابع موضوع این ماده با احتساب باقیمانده موارد بند «ق» تبصره دو و بند «ه» تبصره ۱۱ قانون بودجه سال ۹۳ کل کشور، تا سقف ۵۰ میلیارد دلار و ۵۰۰ هزار میلیارد ریال تعیین می شود».
نمایندگان در ادامه بررسی تبصره دو لایحه بودجه ۱۳۹۴ بند الحاقی دو این تبصره را که پیش از این به کمیسیون تلفیق ارجاع شده و از سوی این کمیسیون اصلاح شده بود، مجددا برای اصلاح به این کمیسیون ارجاع دادند؛ براساس این بند به صندوق توسعه ملی اجازه داده شده بود که به منظور پرداخت تسهیلات برای اجرای طرح های توسعه ای در میادین مشترک نفتی و گازی توسط شرکت دولتی تابعه وزارت نفت، مبلغ ۴ میلیارد و ۸۰۰ میلیون دلار در بانک ها سپرده گذاری کند که بازپرداخت تسهیلات پرداختی موضوع این بند با تضمین وزارت نفت و از محل صادرات همان طرح ها صورت می گرفت. الیاس نادران نماینده مردم تهران در مجلس با ارائه اخطار قانون اساسی نسبت به این بند خواستار ارجاع آن به کمیسیون برای بررسی بیشتر شده بود.
نمایندگان همچنین با بررسی بند «ز» تبصره ۵ لایحه بودجه سال آینده این بند را مجددا به کمیسیون تلفیق ارجاع دادند؛ براساس این بند مقرر شده بود صندوق توسعه ملی معادل ریالی مبلغ ۳۰۰ میلیون دلار برای حمایت از شرکت های دانش بنیان در بانک های عامل سپرده گذاری کند تا تسهیلات به این شرکت ها پرداخت شود.
پیش از ارجاع این بند به کمیسیون تلفیق، برای حذف و اصلاح آن رای گیری شد که رای نیاورد؛ همچنین سورنا ستاری معاون علمی و فناوری رئیس جمهور که به نمایندگی از دولت و در مخالفت از حذف این بند صحبت می کرد با اشاره به تاکیدات مدام رهبر معظم انقلاب نسبت به حمایت از شرکت های دانش بنیان گفت: ما نمی توانیم متخصصان بیوتکنولوژی و نانوتکنولوژی و امثال آنها را به بانک ها بفرستیم تا وام بگیرند، اساسا صندوق نوآوری و شکوفایی برای این منظور ایجاد شد که این متخصصان برای دریافت وام به آن مراجعه کنند بنابراین در خواست ما این است که این بند به تصویب برسد.