استقلال مدل ۹۷ تقریباً با همین فرمان جلو رفت و در شرایطی که هواداران به قهرمانی در آسیا امیدوار شده بودند و امیدها نسبت به آبی‌های پایتخت نسبت به رقیب سرخ‌پوششان بیشتر بود، به یکباره تمام رویاها از دست رفت. شاگردان وینفرد شفر در لیگ هجدهم با ۵۴ امتیاز به مقام سوم رسیدند، در جام حذفی جام قهرمانی را بالای سر بردند و در لیگ قهرمانان آسیا در مجموع دو بازی رفت و برگشت توانستند با نتیجه ۳ بر ۲ ذوب آهن را شکست دادند تا به مرحله یک چهارم نهایی برسند.
مسئولان باشگاه استقلال پس از این که درست در روز فینال جام حذفی مقابل خونه به خونه، قرارداد وینفرد شفر را تمدید کردند، نوید ساخت تیمی قدرتمندتر به هواداران دادند اما همیشه قرار نیست زندگی باب میل انسان پیش نمی‌رود. هواداران استقلال باتوجه به فعالیت مدیران این باشگاه در فصل نقل و انتقالات پیش فصل، امیدشان نسبت به تیم محبوب‌شان کمتر شد. امید ابراهیمی، سرور جپارف، مامه تیام، مجید حسینی و امید نورافکن که از مهره‌های اصلی تیم شفر بودند، از استقلال جدا شدند تا سرمربی آلمانی مجبور شود تیمش را دوباره بسازد.
خریدهای مصدوم داخلی و بی‌کیفیت خارجی، تغییر در پست مدیرعامل باشگاه استقلال با رفتن افتخاری و آمدن فتحی و کسب تنها یک پیروزی در ۵ هفته ابتدایی و قرار گرفتن در رده یازدهم جدول رده‌بندی هواداران استقلال را نگران‌تر کرد. در ضمن بازنده اعلام شدن استقلال در داربی سوپرجام به خاطر اشتباه مدیران این باشگاه، اعتراض هواداران این تیم را به همراه داشت. پرونده‌ای که باعث شد مدیران جدید استقلال از فدراسیون فوتبال، سازمان لیگ و باشگاه پرسپولیس به CAS شکایت کند تا شاید با ورود این دادگاه به پرونده سوپرجام، اشتباه مدیران قبلی جبران شود و رأی پرونده به سود آن‌ها صادر شود.
با این اوصاف و جوی که علیه استقلال وجود داشت، وینفرد شفر با هر مشکلی که با آن مواجه بود، توانست دوباره تیم خودش را بازسازی کند و در پایان نیم فصل نخست خودش را به جمع پنج تیمی که بر سر قهرمانی لیگ برتر رساند و با بردهای پرگلی که مقابل رقیبانش داشت، هواداران استقلال را به شاگردان شفر امیدوار کرد.
با پایان نیم فصل نخست، مدیران باشگاه استقلال الحاجی گرو و مارکوس نویمایر، دو بازیکن خارجی‌ای که عملکرد موفقی در جمع آبی‌پوشان نداشتند را رد کردند و با جذب پاتوسی، ایسما، امید نورافکن و منشأ برخلاف نقل و انتقالات پیش فصل، عملکرد خوبی در نقل و انتقالات زمستانی داشتند. همچنین اضافه شدن فرهاد مجیدی به کادرفنی استقلال، باعث شد که هواداران بیشتر با تیم‌شان همراه شوند. با این حال، گروه مرگ استقلال در لیگ قهرمانان آسیا که با هم‌گروهی با الهلال عربستان، الدحیل قطر و العین امارات رقم خورد، کار آبی‌پوشان را باوجود خریدهای خوبی که در نیم فصل داشتند سخت کرد.
شاگردان شفر با این که عملکرد خوبی در لیگ برتر داشتند و در پایان هفته بیست و دوم و پایان سال ۹۷ خودشان را به دو امتیازی صدرجدول رساندند اما کارشان در لیگ قهرمانان آسیا سخت است و با یک تساوی خانگی مقابل العین و شکست خارج از خانه مقابل الدحیل، با یک امتیاز در انتهای جدول گروه C قرار گرفته است. استقلالی‌ها کار سختی برای صعود از گروه خود در لیگ قهرمانان آسیا و کسب قهرمانی لیگ برتر در رقابت‌ها با تیم‌های چغری مانند پرسپولیس، تراکتورسازی، سپاهان و پدیده دارد و باید منتظر ماند و دید، شاگردان شفر در سال ۹۸ که با داربی ۸۹ آغاز می‌شود، چه عملکردی خواهند داشت و حداقل می‌توانند طلسم پنج ساله قهرمان نشدن در لیگ برتر را بشکند و به عنوان قهرمانی در این رقابت‌ها برسد یا نه. نکته حائز اهمیت این است که هواداران استقلال باید امیدوار باشند که سناریو لیگ شانزدهم و هفدهم برای آن‌ها تکرار نشود و آبی‌های پایتخت به خاطر امتیازاتی که در نیم فصل نخست از دست دادند، قهرمانی را از دست ندهند.
استقلال در حالی سال ۹۷ را به پایان برد که ترک عادت نکرد و مثل دو سال گذشته، فصل را ضعیف آغاز کرد و در ادامه با چند پیروزی پیاپی خود را به بالای جدول رده‌بندی لیگ برتر فوتبال ایران رساند.
