بودجه‌های مصوب برای این پروژه در طول برنامه پنجم به گونه ای اختصاص داده شده که در سال 1390 حدود 126 میلیون تومان عملکرد داشته است.
اما در سال 1391 بودجه ای در پروژه برقی کردن راه آهن تهران- مشهد هزینه نشده و عملکرد آن صفر است و در سال 1392 نیز مجموع بودجه تخصیص یافته به آن به حدود 71 میلیون تومان می رسد.
عملکرد بودجه این پروژه در سال جاری نیز حدود 97 میلیون تومان برآورد می شود با این توضیح که دولت در بوجه امسال طرح های عمرانی را برای تامین اعتبار براساس الگویی الویت بندی کرد به گونه ای که بودجه عمرانی طبق پیشرفت فیزیکی طرح‌ها از صفر تا 20 ، 20 تا 80 و بالای 80 درصد تقسیم شد در این حالت هدف اصلی تامین اعتبار طر‌ح‌هایی قرار گرفت که در سال1393 خاتمه پیدا می کردند.
بنابراین برخی از طرح هایی که در الویت نبودند به میزان ادامه فعالیت و اینکه تعطیل نشوند بودجه دریافت کردند که به نظر می رسد پروژه هایی از قبیل برقی شدن راه آهن تهران- مشهد از جمله طرح هایی هستند که بودجه چندانی دریافت نکرده وتنها به اندازه عدم تعطیلی اعتبار گرفته اند.
این درحالی است که برای سال 1394 نیز بودجه ای حدود یک میلیارد و 100 میلیارد تومان برای این طرح پیش بینی شده است.
بنابراین گزارش، در لایحه بودجه سال آینده این گونه برآورد شده که طرح عمرانی برقی شدن راه آهن تهران- مشهد در مجموع با بودجه ای بالغ بر 5828 میلیارد تومان در به مدت 10 سال یعنی از سال 1387 تا 1397 به پایان برسد.
