به گزارش ایسنا، منطقه خراسان، در بهمن سال 1358 امام(ره) آیت‌الله طبسی را به عنوان سرپرست تولیت آستان قدس منصوب کردند و 15 فروردین 1359 امام خمینی(ره) طی حکمی ایشان را به عنوان تولیت آستان قدی رضوی منصوب کردند و آیت‌الله طبسی نماینده ولی‌فقیه در استان خراسان هم شد. در بخشی از این حکم آمده بود: "نظر به سابقه جنابعالی در اداره امور آستانه مقدسه حضرت ثامن (ع) و اعتمادی که در این‌باره به جنابعالی می‌باشد، به سمت تولیت آن آستانه مقدسه منصوب می‌شوید ... لازم به تذکر است که هیچ‌یک از نهادهای جمهوری اسلامی مانند جهاد سازندگی و همچنین وزارت ارشاد ملی یا اشخاص عادی حق دخالت در موقوفات و سایر متعلقات آستان قدس را ندارد."
در حکم تولیت آستان قدس رضوی، امام(ره) به اعتمادی که با توجه به سابقه آیت‌الله واعظ طبسی داشت اشاره و تاکید می‌کند که از حیف و میل اموال جلوگیری کند. امام در سال 67 مجدداً حکم تولیت آستان قدس رضوی (ع) را به شیخ‌الشیوخ خراسان دادند و نوشتند: "جنابعالی از چهره‌های درخشان مدیریت و انقلاب اسلامی به‌خصوص در استان خراسان می‌باشید". با رحلت رهبر کبیر انقلاب در خرداد 68، حضرت آیت‌الله خامنه‌ای نیز واعظ طبسی را بر تولیت آستان قدس رضوی ابقا کردند. او در سال 75 با حکم رهبر معظم انقلاب به عضویت مجمع تشخیص مصلحت نظام درآمد و تا پیش از درگذشت، عضو این مجمع بود.
مرحوم طبسی در نخستین گام، در سال 1358 طی دستوری، بر ضرورت و فوریت مطالعه و بازبینی وقفنامههای موجود آستان قدس رضوی تاکید کرد تا بتوان بر اساس آنها به اجرای دقیق مفاد وقف‌نامه‌ها و نیات واقفان پرداخت.
در همین راستا فرهیختگانی از حوزه و دانشگاه و کارشناسانی از آستان قدس رضوی در محل کتابخانه مرکزی آستان قدس رضوی گرد هم آمدند تا با مراجعه به سوابق در قسمت‌های مختلف اداری آستان قدس رضوی، اعم از سازمان کتابخانه‌ها و ادارات املاک، اراضی، مستغلات و امور ثبتی، موارد مورد نظر وی پیرامون موقوفات را دقیقا بررسی و مجموعه‌ای ارزنده حاوی اطلاعات کامل، دقیق و جامع از چگونگی وضعیت موقوفات، شامل تهیه شناسنامه موقوفات، فهرست‌های واقفان، رقبات و مصارف مقرر در وقف‌نامه‌ها به تفکیک برابر نیات واقفان، جمع‌اوری کنند تا مبنای عمل قرار گیرد.
در این رابطه کارگروه منتخب، با عنایات خاص حضرت ثامن‌الحجج(ع) اثری شامل خلاصه‌ای از وقف نامه‌ها، فهرست‌های واقفان و رقبات و دفاتر موقوفات و مصرف آنها را ارائه کردند.
آیت‌الله واعظ طبسی علاوه بر این اقدامات به موجب سه فقره وقف‌نامه، موقوفاتی را به شرح ذیل وقف آستان قدس رضوی کرد:
وی در تاریخ 1380/6/26کتابخانه و حسینیه امام رضا(ع) واقع در کوچه ناظر مشهد که کتابخانه آن دارای دو سالن در طبقات زیرین و همکف و 5 دستگاه واحد مسکونی در سه طبقه بود، به منظور تعظیم و ترویج شعائر مذهبی و تقویت مبانی دینی به ویژه برگزاری مجالس تبلیغی و ترویجی در ماه مبارک رمضان و محرم و صفر و مناسبت‌های اعیاد و غیره وقف کرد.
تولیت فقید آستان قدس رضوی در تاریخ 1386/8/9 یک مجتمع مسکونی ثامن الائمه(ع) در اراضی خایقان مشهد، خیابان شهید موسوی قوچانی، مشتمل بر 238 واحد مسکونی را وقف به طلاب علوم دینی کرد.
وی در تاریخ 1388/9/17 یک مجتمع آموزشی از میراث مادر خود با نام این بانو واقع در اراضی حسین‌آباد خواجه‌ربیع که شامل چند سالن چند منظوره، آزمایشگاه، کلاس‌های درس، سایر تاسیسات و عرصه آن را به مساحت 6054.60 مترمربع است برای دانش‌آموزان وقف کرد.
