مشکلات نظام بانکی ایران یکی دوتا نیست. هم می‌توان انگشت «انحصارگرایی» را به سوی آنها نشانه گرفت و هم می‌توان ترازنامه آنها را «غیرشفاف» خواند.
در مجموع می‌توان گفت که نظام بانکی کشور با مشکلات عمیقی دست به گریبان است که برآیند این مشکلات را می‌توان در کم اثر شدن نظام اعتباری در مبادلات اقتصادی و عدم تامین نیازهای مختلف مشتریان خلاصه کرد.
در طول چند سال گذشته مطالبات غیرجاری بانک‌ها افزایش یافته است و این درحالیست که سرجمع اعداد اظهار شده در صورت‌های مالی با اعدادی که از گوشه و کنار درخصوص رقم واقعی مطالبات غیرجاری ذکر می‌شود، بسیار فاصله دارد.
بر این اساس این سوال مطرح است که بانک‌ها به ویژه بانک‌های خصوصی چرا در پی مخفی کردن این زیان عملیاتی هستند؛ آیا مدیریت بانک‌ها یا سهامداران عمده در پی مخفی کردن زیان به منظور برداشت سود خود هستند؟ مثال دیگر را می‌توان درخصوص افزایش سرمایه بانک‌ها اظهار کرد.
بررسی صورت‌های مالی بانک‌ها نشان می‌دهد آورده نقدی سرمایه جهت افزایش سرمایه به ندرت روی می‌دهد و عموما از محل سود تقسیم نشده، ذخایر و... افزایش ارقام سرمایه در دفتر ثبت می‌شود.
بر این اساس این سوال مطرح است که چرا بنگاه‌هایی که ظاهرا سودده هستند تمایل چندانی به افزایش سرمایه از خود نشان نمی‌دهند؟ این موضوع می‌تواند حاکی از وجود اشکالاتی در بنگاه‌های مذکور باشد، به گونه‌ای که سهامداران عمده ترجیح می‌دهند چندان سرمایه خود را به خطر نیفکنند.
مساله بعدی در وضعیت فعالیت‌های غیربانکی بانک‌ها یا اصطلاحا بنگاهداری آنهاست. در صورت‌های مالی بانک‌ها عدم شفافیت در این مقوله به شدت وجود دارد. ضمن اینکه قوانین و مقررات متضادی در این زمینه وجود دارد و عملا قانون بانکداری اسلامی با قانون پولی و بانکی کشور در تضاد است.
به هر ترتیب مشاهده می‌شود که برای بسیاری از بانک‌های کشور این فعالیت‌های بنگاهداری است که بانک را سرپا نگه داشته است وگرنه مابه‌التفاوت ناشی از تسهیلات و هزینه پس‌انداز چندان قابل توجه نبوده است و حتی برای تعدادی از بانک‌ها منفی است.
اصلاح ساختار بانکی فقط محدود به رفتار و تغییرات بانک نمی‌شود. بلکه اصلاح
جدی در سیاست‌های پولی و بانکی ضرورت لازم و کامل دارد.
عدم توان و قابلیت وام‌دهی
بانک‌ها و کاهش پررنگ و تدریجی نسبت وام تسهیلات پرداختی به بخش خصوصی نسبت به GDP تولید ناخالص داخلی حاکی از زیاندهی واقعی بانک در عین سودسازی و
توزیع سود بین سهامداران خود است و در این روند بانک از درون تهی شده و نهایتا
سپرده‌های سپرده‌گذاران به جای تخصیص اعتبار مردم به مصرف هزینه‌های جاری و سرمایه‌ای
بانک‌ها می‌شود. مطالبات بانک‌ها از دولت و شرکت‌های دولتی و عدم تادیه وجوه اوراق
منتشره به ضمانت و مالکیت بانک و عدم سودهی بسیاری از پژوهش‌هایی که از محل انتشار
اوراق مشارکت ایجاد شده‌اند که بعضا ناتمام مانده‌اند از یک طرف و اضافه برداشت
نجومی و غیرقابل تسویه بانک‌ها از حساب بانک مرکزی با شرایط فعلی و وضع جرایم
سنگین 34 درصدی برای این‌گونه مطالبات و ترمیم پی‌درپی سرمایه بانک‌های دولتی و
نیمه دولتی از محل تجدید ارزیابی دارایی‌ها و تسعیر نرخ ارز بدون اضافه کردن قدرت
وام‌دهی و بدون ایجاد استحکام مالی واقعی پیام و سیگنال واضح و روشنی را برای
اصلاح ساختار سرمایه و دارایی‌های بانکی و مدیریت سیستم بانکی می‌دهد و تاخیر در
این مهم نه‌تنها دردی را دوا نمی‌کند بلکه خطر سقوط سیستم بانکی را افرایش می‌دهد
و این جراحی فقط با سیاست‌های دستوری و تهدیدی قابل درمان نیست. متاسفانه
سهامداران عمده بانک‌ها با اعمال نفوذ، چندین برابر سرمایه خود را از طریق اخذ تسهیلات با روش‌های
مختلف دریافت نمودند و به همین دلیل نیز هیچگونه رغبتی به آورده نقدی برای اصلاح
ساختاری بانک‌ها ندارند. سهامداران بانک‌های دولتی و نیمه‌‌دولتی نیز به خاطر
مشکلات کسری بودجه و تنگناهای مالی که با آن مواجه هستند هیچ تمایلی به افزایش
سرمایه از محل آورده نقدی ندارند. لذا در
صورت عدم اقدام به موقع و توجه با بحران بزرگ بانکی مواجه خواهیم شد.
انجام اصلاحات و موفقیت در به مقصود رسیدن آن نیازمند یک همه‌جانبه‌گرایی است، در واقع نمی‌توان قوانین و مقررات را اصلاح نکرد ولی انتظار داشت با بستن راه ورود موسسات جدید به بازار مشکل برطرف شود.
بر این اساس در حوزه‌هایی همچون قوانین، مقررات، بنگاهداری بانک‌ها، تعیین تکلیف مطالبات، گسترش رقابت و خارج کردن بازار پول از انحصار، برخورد قاطع با موسسات اعتباری فاقد مجوز و حذف آنها، بایستی اصلاحات اساسی صورت پذیرد.
در مجموع باید بدانیم که همیشه فرصت اصلاح وجود نخواهد داشت و تا هنگامی‌که زمان و شرایط بازار به گونه‌ای است که تغییرات اصلاحی را در بانک‌ها امکانپذیر می‌سازد، باید به آن پرداخته شود. در غیر این صورت شاید به یک باره با سیل بنگاه‌های ورشکسته روبه‌رو شویم.
